Uzay kolonistlerinin askeri yapılanmaya gitmesi üzerine U.N.E. (United Nations of Earth) adı altında birleşen ülkeler, kolonilerin askeri gücü olan ve Mobile Suit'lerle donanmış S.R.A. (Space Revoulitionery Army) ordusuna karşı toplu bir saldırıya girişir. Fakat ilerleyen savaşla birlikte her iki tarafın birden yok olmasının eşiğine kadar gelinmiştir. Nihayet "7. Büyük Uzay Savaşı" olarak bilinen karşılıklı toplu saldırıda S.R.A. uzay kolonilerinin yüzlercesini aynı anda Dünya’ya doğru yöneltirken, U.N.E. ise Gundam kod adlı yeni nesil Mobile Suit'ler ve Ay'da kurulu insansız bir üste bulunan mikrodalga yoğunlaştırıcısı silahının gücüyle S.R.A.'ya karşı bitirici bir karşı saldırı başlatır. Bu son savaş, her iki taraftan yüzlerce milyon kişinin ölmesiyle sona erer. Savaş bitmiş fakat kaos daha yeni başlamıştır. Savaştan 15 yıl sonra, iklimler değişmiş, ekonomiler çökmüş ve her iki birlik de çoktan dağılmıştır. Şehirler uzun süredir Mobile Suit'ler kullanan yağmacı grupların tehdidi altındadır. Savaş sonrası her iki grubun da dağılmasından sonra yeni kurulan bir organizasyon olan Federasyon ise kurduğu ordusuyla kontrolü eline almaya çalışmaktadır. Yaşadığı şehre yapılan bir yağmacı saldırısı sırasında ortaya çıkarak Mobile Suit'li saldırganları tek başına etkisiz hale getiren Garrod Ran adlı bir genç, Federasyon yöneticilerinden birinin dikkatini çeker. Onların kendisine verdiği yeni görev, eski U.N.E. askeri Jamil Neate'nin "Vultures" kod adıyla bilinen özel bir paralı asker grubunun elindeki Tiffa Adill adlı "özel" bir kızı kurtarmakla ilgilidir. Kendisine verilen görevi yerine getirip dönmeye hazırlanan Garrod, yaptığı anlaşmanın geri tepmesiyle birdenbire kendisini takip altındaki bir kaçak olarak bulur ve savaş sırasında terkedilmiş bir U.N.E. üssüne sığınır: Burada insanlığın ürettiği en güçlü taşınabilir kitle imha silahı olan, Ay'daki mikrodalga yoğunlaştırıcısı silahın saldırı gücünü kullanan "Satelite Cannon" ile donatılmış GX-9900 Gundam X'in savaş sonrası kalan son örneğini Tiffa'yla birlikte aktif hale getirir ve ardından kendisine saldıranlara karşı bu silahın son derece yıkıcı gücünü serbest bırakır. Garrod bu gözardı edilemez yıkım getiren olayın hemen sonrasında Tiffa'yı geri vermek için Vultures'e geri döner ve grubun gerçek amaçlarını öğrenip ikna olarak onlara katılır. Satelite Cannon'un korkunç gücünün 15 yıl sonra yeniden ortaya çıkışı ise gücü eline almaya çalışan Federasyon ordusu yönetiminde gerçek bir şok tesiri yaratmıştır. Vultures'i durdurmak için önce Lancerow Darwell adlı usta bir Federasyon pilotunu, hemen sonrasındaysa Gundam Ashtaron ve Gundam Virsago adlı modifiye edilmiş esrarengiz ve ölümcül Gundam'lara sahip kardeş ödül avcıları Shagia ve Olba Frost'u yardıma çağırırlar. Vultures mensupları ise bozulan dünyayı düzelterek kaosu bitirmek için direnişi örgütlemeli ve Federasyon'a karşı bir savaş için bir ordu toplayana dek zaman kazanmalıdır. Jamil ve Garrod'un girişeceği bu yeni savaş, aynı zamanda eski savaşın gizlediği kayıp sırları da bir bir ortaya çıkartacaktır.