Kurokami Medaka, ilk yılında Hanokiwa Akademi'nin öğrenci başkanlığına seçilen özel bir öğrencidir. Çok zeki, güçlü ve zengindir. Herkese yardım etmek istediği için bir öneri kutusu yapar. Sonraları Medaka Kutusu olarak anılacak bu kutu, Kurokami'ye ve öğrenci birliğindeki arkadaşlarına zor anlar yaşatacaktır.