"En içten isteklerin senin gerçek amacını belirler." Koukaku no Pandora'da, iki genç cyborg, yüksek teknoloji lüks ve muhteşem manzaları olan Cenacle Adasına giden bir gemi yolculuğunda tanışırlar. Kısa yolculukları sırasında alışılmadık bir arkadaşlık kurarlar. Lakin kaderin birleştirdiği arkadaşlıkları aniden gerçekleşen bir patlama ile tehlikeye girer. Nene Nanakorobi, sadece uluslar arası barış isteyen genç ve neşeli bir cyborg yeni arkadaşı Clarion'ı bulabilmek için korkularıyla yüzleşmeye çalışır. Adayı ziyaret etme planlarını erteleyerek arkadaşının peşinden giderek çaresizlik ve güçsüzlük ile karşılaşır. Nene ve Clarion birbirlerini tekrar bulabilir mi? Kargaşayı getireni yakalayabilecekler (ya da bulabilecek) mi? Yoksa denerken ölecekler mi?