Zai olarak bilinen gizemli uçan yaratıklar aniden ortaya çıkar ve yaratıklarla savaşmak için insanlık, ‘’Kızlar’’ adı verilen savaş uçaklarını ve insan kızlar gibi şekillenen otomatik savaş makinesi ‘’Anima’’yı yaratırlar. Hikaye, gökyüzünde uçmayı seven Kei Narutani adında genç bir adamın ve insanlığın kozu olarak düşünülen Guripen isimli Anima kızın maceralarıyla ilgilidir.